Los palestinos son célebres por el valor que le dan a la educación. Para los refugiados de Palestina la educación es la clave para un futuro mejor y además han sido considerados como uno de los grupos de población de mayor nivel educativo en Oriente Medio. Esta reputación se logró durante décadas a través de la ayuda de la UNRWA y su prestación de educación de calidad a tres generaciones de refugiados.

Hoy día la educación es el programa de mayor envergadura de la UNRWA. En la actualidad representa más del 50% del presupuesto de la Agencia y más de las tres cuartas partes de su personal. En las cinco zonas de operación, la UNRWA mantiene 668 escuelas de primaria para casi medio millón de niños. La Agencia, en 1960, fue la primera en Oriente Medio en establecer la igualdad de matriculación de niños y niñas. Lo que indica haber alcanzado la paridad de género en sus escuelas décadas antes de que se convirtiera en uno de los Objetivos de Desarrollo del Milenio.

A pesar de los enormes esfuerzos, en la actualidad el mantenimiento de los altos niveles educativos no se está cumpliendo. Según un informe del Banco Mundial, a partir de septiembre 2006, el rendimiento académico de los estudiantes palestinos va a la zaga de los estándares regionales. Esta situación responde a una variedad de factores que afectan el rendimiento académico, como el conflicto armado, la pobreza, la crisis económica, y las restricciones en la movilidad de la población. Pero también existen a otros factores, como la grave carencia de los fondos necesarios para que la UNRWA pueda mantener y mejorar los niveles de educación. La Agencia se centrará en un medio plazo en la mejora del aprendizaje en sus escuelas, mediante la formación al profesorado, realización de actividades extraescolares, atención individualizada, programas de derechos humanos y resolución no violenta de conflictos, construcción de nuevas escuelas, etc.

En la actualidad, uno de los grandes retos de la Agencia es conseguir la financiación necesaria para implementar estas mejoras.