En el programa de salud desarrollado por la UNRWA trabajan médicos contratados por la Agencia y distribuidos en 122 clínicas. Las clínicas realizan atención médica externa, atención materno-infantil, planificación familiar, prevención y control de enfermedades. Cada doctor contratado por la Agencia trata una media de 110 pacientes por día.

Los refugiados tienen acceso a un hospital instalado en Qalqilia, Cisjordania, que cuenta con 43 camas y seis Maternidades en la Franja de Gaza. La Agencia cuenta con servicios de emergencias y para los casos más graves utiliza los convenios existentes con otros hospitales. Los refugiados cuya situación económica lo permite pagan parte del costo de sus tratamientos.

La UNRWA también trabaja en la mejora de las condiciones medioambientales para los refugiados residentes en los campos, realizando proyectos de potabilización del agua, construcción y perfeccionamiento de los sistemas de desagüe y recolección de basuras.